Кошаркашки савез Србије пријавио је два клуба за учешће у ФИБА Лиги шампиона у сезони 2016-2017, и то у складу са њиховим пласманом у националном шампионату у сезони 2015-2016.
С обзиром на то да ће КК Црвена звезда Телеком наредне сезоне учествовати у Евролиги, а да КК Партизан НИС није прихватио учешће у ФИБА Лиги шампиона, КСС је пријавио КК Мега Лекс као први клуб (треће место у националном шампионату, друго место у регионалној лиги, освајач Купа Радивоја Кораћа) и КК ФМП као други клуб (четврто место у националном шампионату) за ФИБА Лигу шампиона у сезони 2016-2017.
Коначну одлуку о учесницима у ФИБА Лиге шампиона донеће Борд овог такмичења 29. јуна 2016. године.